Hoewel de naam al aangeeft waar het rund vandaan komt, ‘Wa’ betekent Japans en ‘gyu’ betekent rund, is de gevestigde theorie dat de Japanners nooit de runderen zelf hebben gedomesticeerd. Het oorspronkelijke vee van Japan bestond uit Turano-Mongoolse runderen die vermoedelijk afkomstig waren uit Korea van het type Hanwoo Bruinvee en Cheju Hanwoo. Waarschijnlijk hebben immigranten in de 2e eeuw deze runderen meegenomen.

Door religie ingegeven was er in Japan een verbod op het eten van vlees. De bewoners van Japan gebruikte dit onverschrokken vee voor allerlei doeleinden waaronder akkerbouw, mijnbouw, last- en trekdier en in oorlogen. De Wagyu runderen werden geselecteerd op uithoudingsvermogen en spierkracht, waardoor de Wagyu een sterk rund is geworden die zich goed kan verplaatsen in het bergachtige landschap van Japan. De dorpen lagen veelal geïsoleerd en verspreid waardoor er weinig uitwisseling plaatsvond tussen de dorpen en dus evenmin in de kuddes. Een gevolg was inteelt. Alleen de grootgrondbezitters bezaten weiden en konden zich grotere kuddes veroorloven.

Aan het Keizerlijk hof werd voor het eerst vlees gegeten, toen bleek dat de soldaten hier groot en krachtig van werden. De Keizer gaf deze Wagyu runderen een speciale behandeling met bier en massage. Het bier kregen de runderen omdat in de zomer de eetlust achteruit ging (bij mens en dier). Bier heeft de sterke eigenschap om de eetlust te bevorderen. De massage werd ingezet zodat de runderen niet stijf en stram zouden worden. Land was duur en hierdoor schaars, dus de runderen bleven veelal binnen.

Onder Keizer Meiji (1867-1912) kwam Japan uit een langdurige isolatie en stelde zich open voor invloeden uit het westen, waardoor het verbod op het eten van vlees werd ingetrokken. De plaatselijke runderen werden gekruist met buitenlandse rassen voor de kwaliteit van vlees en melk. De prijzen van de koeien werden te hoog en de fokkers waren er niet in geslaagd om de spierkracht op hetzelfde niveau te houden. Op de eilandjes Mishima en Kuchinoshima zijn geen buitenlandse rassen ingekruist. Het Mishima rund is tot nationaal erfgoed verheven en mag niet worden geëxporteerd. Na de eerste wereldoorlog werd er door de Japanse regering een nieuw fokprogramma opgezet met als doel de vlees- en melkkwaliteit te verhogen en de spierkracht te verbeteren. De runderen waren in het verleden als gekruist met buitenlandse rassen, waardoor er grote verschillen waren ontstaan in bouw, grootte, karakter, vleeskwaliteit en vleesopbrengst. In 1948 ging Japan over tot een nationaal stamboek, waarin regionale fokprogramma’s werden gecombineerd met het doel de allerbeste eigenschappen in een aantal rassen bijeen te brengen. Sinds 1968 worden alle runderen volgens dit programma beoordeeld, wat heeft geleid tot drie hoofdsoorten Wagyu’s. De Zwarte Wagyu is hiervan de beroemste. Er zijn 3 bloedlijnen waartoe de Zwarte Wagyu kan gehoren, de Fuijyoshi, de Kedaka en de Tajiri lijn. Dit zijn de namen van lokale kuddes, alle drie met buitenlands bloed in de aderen, maar ook met authentiek Japans bloed.

Kobebeef
Wat Kobe beef genoemd wordt is vlees dat komt van Wagyu (Japans zwartvee van de Tajima lijn) uit de oude provincie Tajima, nu Hyogo prefectuur genoemd, waarvan Kobe de hoofdstad is. De productie van Kobe beef moet aan een strenge productie standaard, inheems aan deze prefectuur, voldoen. Het vlees staat bekend als het meest exclusieve vlees met hele hoge prijzen. De legende van Kobe beef is vooral bekend vanwege de behandeling die de Wagyu daar krijgen. Er wordt gezegd dat in Kobe de veehouders bier toevoegen aan het eten van de Wagyu. Het schijnt dat bier de dieren stimuleert om meer te eten dan normaal wat nodig is in de hete zomer-maanden wanneer de behoefte aan voedsel van nature vermindert. Een verhoogde opname van voer leidt tot een hogere vet productie en het vet wordt beter vastgehouden wat bijdraagt aan het marmeringspercentage Een ander gedeelte van de legende is dat de dieren gemasseerd worden met Sake (Japanse rijstwijn). Er wordt verondersteld dat de behandeling met sake de huid en vacht zachter maakt en sommige veehouders geloven dat dit een positieve invloed heeft op de kwaliteit van het vlees. Een andere verklaring is dat de Wagyu op Kobe weinig ruimte hebben om te bewegen en dat de massage een vervanging is voor de natuurlijke hoeveelheid beweging die de dieren krijgen. Een volgende verklaring is dat de dieren minder stijf en gestrest zijn wanneer ze gemasseerd worden en dat dat een goede invloed heeft op de vleeskwaliteit. Kobe beef is door de Japanse overheid beschermd wat wil zeggen dat de Wagyu in de Kobe regio geboren moeten zijn om ‘Kobe beef’ genoemd te mogen worden.