Obwohl der Name schon zeigt woher das Rind kommt  -”Wa” bedeutet „japanisch“ und “Gyu” bedeutet „Rind“-, existiert die Theorie, dass die Japaner nie die Rinder selbst domestiziert haben. Das ursprüngliche Vieh in Japan bestand aus Turano-mongolischen Rindern, die vermutlich von der Rasse Hanwoo Bruinvee  und Cheju Hanwoo abstammten. Wahrscheinlich haben Einwanderer diese Rinder im 2. Jahrhundert mitgebracht.

Aus religiösen Gründen war es in Japan verboten, Fleisch zu essen. Die Japaner nutzten diese unerschrockenen Tiere für unterschiedliche Zwecke, darunter Ackerbau, Minenbau, als Last-und Packtiere und in Kriegen. Die Wagyu Rinder wurden nach Ausdauer und Muskelkraft ausgewählt, wodurch sich das Wagyu zu einem starken Rind entwickelt ist, das sich in der bergigen Landschaft von Japan gut bewegen kann. Die Dörfer lagen meistens isoliert und verstreut, so dass wenig Austausch zwischen den Dörfern und damit auch in den Herden erfolgte. Die Folge davon war Inzucht. Nur die Grundbesitzer besaßen Weiden und konnten sich größere Herden leisten.

Am kaiserlichen Hof wurde erstmals Fleisch gegessen, nachdem sich herausstellte, dass die Soldaten davon stark und kräftig wurden. Der Kaiser gab diesen Wagyu Rindern eine Sonderbehandlung mit Bier und Massage. Das Bier erhielten die Rinder, weil sich deren Appetit im Sommer verschlechterte (bei Mensch und Tier). Bier hat die Fähigkeit, den Appetit anzuregen. Die Massage wurde eingesetzt, damit die Rinder nicht steif und unbeweglich wurden, da Land teuer und knapp war und die Rinder daher meistens im Stall verblieben sind.

Unter Kaiser Meji (1867-1912) kam Japan aus einer langen Periode der Isolation und öffnete sich den Einflüssen aus dem Westen. Das Verbot, Fleisch zu essen, wurde aufgehoben. Die Rinder wurden zugunsten der Qualität des Fleisches und der Milch vor Ort mit ausländischen Rassen gekreuzt. Die Preise für die Kühe waren zu hoch und die Züchter waren nicht in der Lage, die Muskelkraft auf dem gleichen Niveau zu halten. Auf den Inseln Mishima und Kuchinoshima wurden keine fremden Rassen gekreuzt. Das Mishima Rind ist zum nationalen Erbgut ernannt worden und darf nicht exportiert werden. Nach dem Ersten Weltkrieg wurde von der japanischen Regierung ein neues Zuchtprogramm erlassen mit dem Ziel, die Fleisch-und Milchqualität zu steigern und die Muskelkraft zu verbessern. Die Rinder wurden in der Vergangenheit mit fremden Rassen gekreuzt, so dass große Unterschiede in Körperbau, Größe, Charakter, Fleischqualität und Fleischertrag entstanden sind Im Jahr 1948 ging Japan zu einem nationalen Zuchtbuch über, in dem regionale Zuchtprogramme kombiniert wurden mit dem Ziel, die allerbesten Eigenschaften in einigen Rassen zusammen zu führen. Seit 1968 werden alle Rinder nach diesem Programm beurteilt, was zu den drei Hauptrassen der Wagyu’s geführt hat. Das Schwarze Wagyu ist die berühmteste unter ihnen. Es gibt 3 Blutlinien zu denen das Schwarze Wagyu gehören kann: die Fuijyoshi, die Kedaka und die Tajiri Linie. Dieses sind die Namen der lokalen Herden, alle drei mit ausländischem Blut in den Adern, aber auch mit authentischem, japanischem Blut.

Kobe Beef
Als Kobe Beef bezeichnet man das Fleisch des Wagyu (Japanisches Schwarzvieh der Tajima Linie) aus der alten Provinz Tajima, jetzt Hyogo-Präfektur genannt. Kobe ist hier die Hauptstadt von Hyogo. Die Kobe Beef-Produktion unterliegt strengsten Produktionsstandards aus dieser Präfektur. Das Fleisch ist als sehr teures und sehr exklusives Fleisch bekannt. Die Legende vom Kobe Beef ist vor allem aufgrund der Behandlung der Wagyu-Rinder bekannt geworden. Es wird erzählt, dass die Viehhalter in Kobe dem Futter der Wagyu Bier hinzufügen. Es scheint, dass Bier die Tiere dazu anregt mehr zu fressen als sonst, was in den heißen Sommermonaten erforderlich ist, wenn der Bedarf an Nahrung von Natur aus geringer wird. Eine erhöhte Aufnahme von Nahrung führt zu einer höheren Fett-Produktion. Das Fett kann besser gehalten werden, was wiederum dem Marmorierungsgrad  zugutekommt. Ein anderer Teil der Legende sagt, dass die Tiere mit Sake (japanischer Reiswein) massiert wurden. Es wird angenommen, dass die Behandlung mit Sake die Haut und das Fell weicher werden lässt. Einige Viehhalter glauben, dass dieses einen positiven Einfluss auf die Qualität des Fleisches hat. Eine andere Erklärung ist, dass die Wagyu in Kobe zu wenig Platz haben, sich zu bewegen und dass die Massage ein Ersatz für das natürliche Maß an Bewegung ist. Eine weitere Aussage ist, dass die Tiere weniger steif und gestresst sind, wenn sie massiert werden und dass dieses einen positiven Einfluss auf die Fleischqualität hat. Kobe Beef wird von der japanischen Regierung geschützt. Das bedeutet, dass ein Wagyu in der Kobe Region geboren sein muss, um als “Kobe Beef” bezeichnet werden zu dürfen.